Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes erfolgte 1248 unter dem Namen Bruglon; von 1323 ist die Bezeichnung Brügglon überliefert. Der Ortsname geht auf das mittelhochdeutsche Wort brügel zurück, ein Rundholz, das man früher für die Befestigung eines Weges brauchte.

Seit dem 13. Jahrhundert unterstand Brügglen der Herrschaft Buchegg, die Teil der Landgrafschaft Kleinburgund war, 1391 von Solothurn erworben und zur Vogtei Bucheggberg umgewandelt wurde. Bis 1798 lag die hohe Gerichtsbarkeit beim bernischen Landgericht Zollikofen, während Solothurn mit dem Gerichtsort Aetingen die niedere Gerichtsbarkeit ausübte. Nach dem Zusammenbruch des Ancien régime (1798) gehörte Brügglen während der Helvetik zum Distrikt Biberist und ab 1803 zum Bezirk Bucheggberg. Brügglen besitzt keine eigene Kirche, es gehört zur Kirchgemeinde Aetingen-Mühledorf (Quelle Wikipedia).